Organizar os três tubos de deriva para que eles estabelecem paralelos entre si e perpendicular à trajetória do feixe de elétrons . Anexar os eléctrodos de alta voltagem a cada um dos tubos de flutuação.
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Coloque as duas bobinas de Helmholtz entre o EBIT e os tubos de deriva de ambos os lados do tambor . Vire as bobinas antes de ativar o EBIT . Determine a tensão que você deseja enviar através dos eletrodos dentro do tubo de drift. Isto irá estabelecer o nível de energia para o EBIT . Defina o nível do EBIT .
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Ative o EBIT , enviando o feixe de elétrons através dos tubos de deriva. O feixe de electrões começará com uma largura de cerca de 1 mm , mas o efeito dos imans é diminuir este diâmetro de cerca de 100 micrómetros . O feixe de elétrons irá atrair e prender os íons carregados positivamente que entram no sistema através dos eletrodos de alta tensão.